過去に紹介したブックマークレットの最新版が紹介されていたので、早速試してみました。
（YTの仕様が変わったようでブックマークレットがver2.1へバージョンアップしてました）

しかも、嬉しい事にGoodReaderでそのまま使えるように改良されていました。
（残念ながら、ver2.1を最新版のGoodReaderで使ったところ上手くいきませんでした）

上記元ネタの枠内にあるGoodreader向けのjavascriptをコピーして、iPhoneへメールします。iPhoneでメールをゲットしたら、ブックマークレットにするために、そのjavascriptをコピーしておきます。

iPhoneのsafariで適当なブックマークを作ります。
まず、何でも良いのでページを開いてブックマークを作成します。
ブックマークの編集モードにして、先ほどコピーしておいたブックマークレットを作ったブックマークのURLへペーストします。ペーストしたブックマークの名前は分かりやすいものを付けておくと良いです（例：Youtubeブックマークレット）
※キャプチャ付きの詳細は、コチラで紹介されています。

iPhoneのsafariでYoutubeを開き、PCモードにします。（キャプチャ付きの方法はコチラにあります。）

この状態で、お目当ての動画があるページを開きます。

ここで、先ほど作ったブックマークレットを実行します。
（普通にブックマークを開くのと同じ方法です）

ブックマークを開くと動画の上にいくつかのリンク文字が出現します。（iPhoneだと拡大しないと読めないかもしれません）
このうちのfmt=18をタップすると、、、GoodReaderが開きます。

ダウンロード準備完了のメッセージが現れるので、「Go there」をタップしてお目当ての動画をダウンロードします。

ダウンロードした動画は、videoplaybackというファイル名になっています。これを適当な名前＋.mp4というファイル名に変更すれば、GoodReaderで閲覧できます。
あとは、GoodReaderのフォルダに格納するなどで管理すれば良いと思います。

１つのブックマークレットでダウンロードできるようになったので楽ですね。