サイドバーが無くなってスッキリしたiTunes11で、曲やアプリを選んでiPhoneへ入れる方法を知人に教えてもらいました。

操作は、とても簡単です。以下、アプリを例にしてみました。

左上のコンテンツを「Apps」にします（曲だったら「ミュージック」、映画などのビデオは「ムービー」です）。
パソコンのiTunesで、Appsやミュージック（iPhoneの画面に入る前）でiPhoneに入れたいコンテンツを選びます。

あとは、iPhoneへドラッグアンドドロップするだけです。

必要なら検索もできます。

同期が始まります。iPhoneで別途購入したアプリがあったり、しばらくしていないバックアップがあると少し長いです。
iPhoneがピカピカ光って同期が始まらない場合は、既にiPhoneに入っているなど、入らない原因があるようです。

ちゃんとiPhoneに入りました。

Genius機能がオンになっていると同期が長くなる（ステップ数が増える）ので、要らないならオフにした方が同期が速く済みます。私は不要なのでオフにしてます。
Genius機能は、iTunesに入ったコンテンツを分析して、オススメのアプリや曲を提示してくれる機能です。

ビデオや曲も同じ要領でiPhoneへ入れられます。

以前にiTunes11でアプリを同期する方法を紹介しましたが、こちらの方が曲やアプリを選んで１個ずつ（または複数）iPhoneに入れる感じが分かりやすいですね。