Handbreakなどでmp4化したDVDは、iPhoneのiPodアプリで観るとチャプターが有効になるので、閲覧時に便利です。
iPodアプリへmp4動画を送るには、iTunesのムービー同期を使います。

iTunesを開いて、ライブラリ欄のムービーへmp4ファイルをドラッグアンドドロップして追加します。

次に、iPhoneを繋いだ状態で、iTunesのデバイス欄からiPhoneを選びます。
iPhoneのサブメニューでムービーを選び、ムービーを同期をチェックして同期します。
完了するまで、暫く放置します。
注意点としては、iPhoneのiPodアプリにあるビデオ欄が先ほどのiTunesのライブラリ欄のムービーと全く同じ状態になります（つまり同期です）。

これで目出たく、iPhoneでmp4のムービーが見れます。